TopHat

TopHat — программное обеспечение из области биоинформатики, которое выравнивает полученные в результате РНК-секвенирования фрагменты последовательностей РНК — прочтения («риды») — на референсный геном и определяет границы экзонов. TopHat основан на алгоритме Bowtie, который картирует короткие прочтения. Программа может определять не только известные соединения экзонов, но и идентифицировать новые.

C выпуском последней версии TopHat 23 февраля 2016 разработчики прекратили активно поддерживать проект и предлагают как альтернативу программу HISAT2, обладающую теми же основными возможностями, но способную выполнять задачу выравнивания прочтений и определения экзон-экзонных соединений быстрее, эффективнее и точнее.